操纵船舶的基础在于掌握游戏内置的指令体系。最基本的操作是通过调动功能指令，将你的舰船或舰队派遣至地图上的任意坐标，实现快速位移。当你需要攻击特定目标，例如野怪据点或敌方建筑时，则运用行动指令来发起攻击。在更复杂的战略层面，你可以创建并执行规划，派遣舰队对目标发动集体进攻，或是在获取同盟领袖批准后发起需要多人协同的集合指令，这种指令能更直观地召集和指挥盟友共同作战。当你的舰队需要长时刻停留在某个资源点或战略要地时，可以运用驻守指令来创建规划任务，舰队将主动守卫该区域并反击来犯之敌。在进行远距离调动时，有诀窍可以节省大量时刻：你可以先派遣高速侦查舰前往目标地点，待其到位后，再让工程舰或主力舰队通过增援指令直接曲速由于增援会采用舰队中现有更快的速度。利用规划圈的特性，当你自己的任何一艘舰船抵达规划圈范围后，整个舰队都可以直接曲速前往该规划圈。

针对不同战略目的的操作逻辑截然不同。封锁指令一个多功能工具，它既可以用于控制资源点，也可以用于在特定的野怪刷新点（显示为红色的基地）自动刷取战斗经验——舰队在该点开始封锁后，会持续和刷新的野怪交战。运用封锁指令需要警惕，由于它也许被视为敌对行为而引发冲突。在资源采集方面，操作的核心围绕着工程船展开，你需要通过蓝图研究和技术值强化来优先提高工程船的仓储容量和开采速度。面对距离遥远或处于高危险性区域的资源点时，根据情况选择大、小不同类型的工程船进行勘探是常规操作。壹个重要的机制是，采矿平台能够节省规划圈并提高采集效率，但它通常仅限同盟成员共同运用。维修操作只能在基地的船坞中执行，因此在发起长期寻觅或远征之前，务必确保舰船情形完好，以避免在野外陷入无法维修的困境。

对单艘舰船的深度操作体现在其性能调校上。游戏提供了灵活的舰船改装和强化体系。每一艘战舰的武器、护甲、动力等多个子体系都可以进行独立改造，通过消耗技术值来加点强化。技术值的获取主要来自舰船更新和蓝图研究。加点的策略需根据舰船的功能定位来决定，通常分为攻击型、防御型和辅助型等不同路线。通用的强化优先级往往遵循策略技能、冷却时刻、暴击几率、伤害输出的顺序，但对于负责吸收伤害的前排舰船，如某些战列巡洋舰，则需要优先强化能量抗性和物理护甲。这种深度的调校允许你将同一型号的舰船培养成侧重于不同战场人物的特化型号，是实现特点化舰队组合的基础。

在舰队层面，操作的核心是编队组合和战略选择。虽然舰队在具体战斗中的阵型是自动生成的，但你在出战前的编队构成决定了阵型的根基。壹个合理的舰队需要讲究前后排组合，常见的思路是前排配置拥有高额护甲和血量的舰船来吸收主要火力，中后排则部署火力强大的输出单位，例如巡洋舰或航母。你需要综合思考整个舰队的指挥值上限，合理组合不同规格的舰船。在面对拥有大量舰载机的敌人时，还需要在编队中补充具备防空能力的舰船，例如携带防空无人机或区域防空炮的型号。通过将不同功能、不同火力类型的舰船组合在一起，才能应对战场上复杂多变的情况，将舰队的总和战斗力最大化。

游戏内特定的协议或方法会标准你采用针对性的船舶操作方法。在寻宝狩猎协议这类快节拍的方法中，操作的核心是高效寻觅和即时战斗，你需要化身星际猎人，频繁地在未知区域间移动，搜寻宝藏并迅速击退来犯的敌人。而在勘探者协议中，操作则更侧重于勘探点的优先级判断和工程船的调度，例如优先勘探星球、卫星轨道上的观测点，还是拉格朗日点上的曲率观测点。针对距离和安全性的不同，需要灵活选择运用顶级工程船或小型工程船执行勘探任务。关于资源区的连接操作也有其特殊逻辑：将前哨站连接到矿物点上并不会立即产生收益，需要你将基地迁移至该前哨站才能激活资源加成，这种方法虽然节约了工程舰，但会改变你的基地位置。

了解一些机制细节能帮助你避免损失并提高效率。攻击指令中的自动撤回功能会默认沿用上一次的配置，如果你在长途奔袭后忘记关闭，舰队也许在战斗后自动返回，导致战略中断。当舰队因撤退或任务完成需要返回基地时，应尽快运用基地的工程局功能将其快速召回，避免让舰队在返航路上长时刻慢速航行，从而暴露你的基地坐标线路。需预先将维修模块放置在舰队的仓储中，并不能实现在战斗后的野外维修，战后维修只能回到基地船坞进行。在工程船进步的早期，由于其仓储容量较小，可以采用将其和某些具备大仓储的运输舰混编的方法来进行采矿作业，以提高单次采集和运回的效率。