要获取七岛通行证，首先需要完成游戏的主线剧情，成为宝可梦联盟冠军。这意味着你需要击败关都地区的全部八个道馆馆主，并成功挑战宝可梦联盟的四天王及冠军。在成为冠军后，返回你的家乡，此时会触发特定的剧情，大木博士将会交给你一张前往一之岛的船票，这是开始后续岛屿寻觅之旅的钥匙。在此之前，通常还需要满足壹个前置条件，即在通关一周目后，如果你的宝可梦图鉴登录数量超过60种，大木博士会帮你将图鉴更新为全国图鉴，之后你才能前往枯叶市的码头乘船。

拿到船票抵达一之岛后，获取七岛通行证的具体流程便正式展开。你需要前往一之岛的宝可梦中心，在那里找到一位研究员进行对话。这位研究员会告知你，他的设备出现了故障，需要一块红宝石来进行修复，并请求你帮助寻找。答应他的请求并成功寻获红宝石后，将其交还给研究员，他便会作为感谢，将七岛通行证赠送给你。这张通行证有时也被称为彩虹通行证，获取它之后，你便拥有了在关都地区和南方诸岛之间自在往来的权限，可以随时乘坐渡轮往返于各个岛屿。

整个流程中的决定因素任务就是寻找红宝石。这块红宝石位于一之岛的灯火山洞穴深处。在前往洞穴的路上，你会遇到两名火箭队的成员把守洞口，必须击败他们才能进入。进入洞穴后，在最内部的区域便可以找到这块至关重要的红宝石。在完成红宝石任务并取得通行证后，研究员也许还会进一步委托你寻找另一块蓝宝石，这将牵扯到前往更后续的岛屿并和火箭队周旋，最终完全开通两个地区间的通讯功能。

成功取得七岛通行证，意味着你的冒险舞台从关都地区扩展到了风格各异的七个岛屿。每个岛屿都设计有特殊的环境、宝可梦以及独立的剧情任务等待寻觅，例如某些岛屿存在需要秘传技能冲浪或攀瀑才能到达的隐藏区域。