主武器的选择逻辑从前期的基础性能达标，转给追求极点的清图效率、应对高难度场景的稳定输出以及符合个人战略风格的深度组合。武器的选择往往和战甲构建、MOD配置深度绑定，其核心在于能不能高效处理钢铁之路或长时刻生存任务中的高血量、高护甲单位，以及是否具备杰出的范围伤害或特殊的伤害机制来最大化输出效益。

近战武器在后期清图中占据重要地位，其中具备大范围攻击和高伤害潜力的武器尤为突出。格拉姆Prime凭借其出色的攻击范围和高额伤害，配合急进猛突和异况超量等MOD，能显著提高清怪效率。侍刃Prime和迦伦提恩Prime作为瘟疫刀剑类别的代表，也因其高暴击率和杰出的架势而受到推崇，侍刃Prime的架势自带多段突进，在暴击叠加后其重击能造成可观的范围切割伤害。这些武器的共同特征是在组合完整的MOD体系后，能通过近战连击机制和范围伤害快速清理密集的敌人。

超距离主武器的选择则更侧重于特殊的伤害玩法和范围覆盖能力。棱晶楞次弓的爆炸范围伤害能轻松覆盖大片敌人，特别适合处理聚集的怪群。原子矿融炮则拥有独特的射线连锁传导机制，其基础伤害类型若选择磁力可有效压制带有护盾的敌人，配置射速强化组件后能更快地触发情形异常。这类武器的价格在于它们能提供安全的输出距离，同时通过范围伤害或特效机制，在不对玩家操作提出极高标准的情况下，达成可观的群体杀伤效果。

后期武器的性能发挥极度依赖合理且高等级的MOD配置，这是武器实现毕业情形的核心。近战武器通常需要优先装配提高暴击率、攻速和攻击范围的MOD，例如血压点、狂暴和剑风。超距离武器的配卡则需根据其特性选择偏给暴击流或触发流。元素MOD的组合需根据后期常见敌人的类型灵活调整，例如应对高护甲的Grineer单位时，腐蚀或病毒元素通常是有效选择。主武器的MOD配置往往优先堆叠基础伤害，而武器的终极强化也离不开Orokin催化剂的容量翻倍支持。赤毒系列武器需要通过击败玄骸来获取。信条武器来源于索拉里斯之声集团的兑换。部分Prime版本武器或圣装武器的部件需要通过开始对应的虚空遗物来获取。而像原子矿融炮的设计图则可以直接在游戏内的商店用现金购买。征服榴炮等武器的部件也许在特定的奥罗金虚空生存任务中有较高的掉落概率。玩家应根据自身的资源储备和游戏进度，规划武器的获取和培养顺序，不必过度追求全数收集，可先将资源集中在1至2套核心武器上。